Sejak tahun 2010, tepatnya tanggal 10 Juni 2010 Sekolah Tinggi Agama Islam Hasan Jufri Bawean (STAI Hasan Jufri Bawean) resmi berdiri dengan SK ijin operasional yang disahkan oleh Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Islam (DIKTIS) yang ditandatangani oleh Direktur Jendral Pendidikan Tinggi Islam, yaitu Bapak Dr. Mohammad Ali.
Sejak pertama berdiri STAI Hasan Jufri Bawean memiliki dua program studi, yaitu Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (HES) dan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Prodi HES telah mendapatkan akreditasi “B” berdasarkan SK BAN-PT Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan nomor 2052/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2018. Sedangkan Prodi MPI juga telah mendapatkan akreditasi “B” berdasarkan SK BAN-PT Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan nomor 3370//SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2018
Agar dapat memenuhi kebutuhan masyarakat maka pada tahun 2015 STAI Hasan Jufri Bawean kembali menambah dua program studi, yaitu Prodi Pendidikan Agam Islam (PAI) dan prodi Hukum Keluarga Islam (Akhwal al Syakhsiyyah). Prodi Hukum Keluarga Islam telah mendapatkan izin operasional yang dikeluarkan oleh Dirjen Kementrian Agama No. 361 tanggal 20 Januari 2015